因多次從中檢出介殼蟲等有害生物，大陸方面自3月1日起暫停台灣菠蘿輸入大陸。台灣當局卻指責大陸“政治打壓”。此事在台灣島內不斷發酵。台灣有輿論指出，當局需改變“凡事責任都推到大陸”的心態，認真解決蟲害問題。

　　據台媒報道，大陸自去年起已就農産品蟲害問題多次通報台灣，可台方置若罔聞。《聯合報》評論稱，“菠蘿風波”顯出民進黨當局執政的無能。不思解決問題，卻把一切責任推給大陸，台當局應正視這一執政心態上的“介殼蟲”。

　　大陸方面2月26日宣佈暫停進口措施後，隨即通過兩岸咨商平臺告知台當局。當局行政機關、“農委會”、陸委會等部門相關負責人皆表示此事乃“檢疫理由”。台灣地區領導人蔡英文等人卻宣稱這是“大陸打壓台灣果農與兩岸貿易”，甚至有人表示要“告到WTO”。

　　當局不同表現引發台灣輿論的質疑和批評。《旺報》社論指，蔡英文如此表態並非為“解決問題”，而是深知此事對台灣農業的衝擊，擔心民意壓力以求自保。另有臺學者指出，目前台灣尚禁止600余項大陸農産品輸入，即使向WTO申訴也難獲成功，這便是相關經濟部門如此“低調”的原因。

　　台灣資深媒體人陳朝平注意到，大陸是基於兩岸之前簽署的《海峽兩岸農産品檢疫檢驗合作協議》通報，且通報文件中用詞是“暫停”而非“禁止”，這意味著只要透過正常管道、做出補正，消除有害生物，菠蘿進入大陸便可重新啟動。

　　中華戰略學會研究員張競則表示，到目前為止，當局各項應對措施都充滿政治操作心機，對果農與社會焦慮漠不關心，也未對症下藥解決問題。

　　大陸是台灣農産品最大的出口市場。據台灣方面統計，台灣菠蘿95%以上外銷大陸。《經濟日報》3日社論指，自2005年起，大陸就宣佈為照顧台灣農民，在符合檢疫及原産地規定下，單方面提供菠蘿等15個農産品零關稅，但台灣到目前仍禁止多項大陸農産品輸入。

　　另據《中國時報》報道，民進黨上臺後，台灣各有關部門“農業輸陸交易”的防疫、檢核、補助、例行調查等眾多項目預算及行政支援相繼取消。失去從各地農會到海關原有必要的諸如“專家防疫、海關檢疫”的自我防護機制之後，單靠農民自身能力難以嚴控農産品質量。

　　《旺報》此前社論指出，“菠蘿風波”映照出台灣農漁産品需要大陸市場的事實，當局不應將此事升級為政治風波，應回到兩岸協議既有架構下溝通解決。